尖锐湿疣复发的原因可能与患者存在其他性传播疾病有关，因而在治疗尖锐湿疣时应全面检查性传播疾病，若有其他性传播疾病要及时治疗。
尖锐湿疣复发也可能与亚临床感染存在有关，因而治疗时可应用5%醋酸检查，以进行彻底治疗。
HPV潜伏感染也可导致尖锐湿疣的复发。由于有HPV潜伏感染使非皮损区产生新的临床和亚临床皮损，当CO2激光或液氮冷冻等局部去疣治疗后，通过溃疡周围HPV感染细胞，使原皮损部再发新的皮损。60%尖锐湿疣患者尿道内有HPV潜伏感染，成为传播HPV的库存灶，既可造成性伴间的HPV感染，又可通过自身感染，导致尖锐湿疣复发。由于尖锐湿疣HPV潜伏感染广泛存在于生殖器的非皮损区及尿道内，因而单纯的局部疗法有时是不够的，寻找更有效的调节宿主免疫功能的方法，将是治疗尖锐湿疣的方向。
大多数性伴可能已有HPV的亚临床感染，尽管他们没有明显的疣，也要定期复查，可采用5%醋酸辅助检查。
为预防尖锐湿疣的感染或再感染，根本的方法是防止性乱，要洁身自爱。另外，为预防间接感染，提倡不用公用毛巾、浴巾、不在共用浴缸中沐浴。
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