锦鲤疾病的生态预防是“治本”，而积极、正确、科学地利用药物治疗鱼病则是“治标”，本着“标本兼治”的原则，对锦鲤疾病进行有效治疗，是降低或延缓鱼病蔓延、减少损失的必要措施。
1.治疗总原则“随时检测、及早发现、科学诊断、正确用药、积极治疗、标本兼治”是治疗锦鲤疾病的总体原则。
2.具体治疗原则（1）先水后鱼。“治病先治鳃，治鳃先治水”，对锦鲤而言，鳃比心脏更重要，各种鳃病是引起锦鲤死亡的最重要病害之一。鳃不仅是氧气和二氧化碳进行气体交换的重要场所，也是钙、钾、钠等离子及氨、尿素交换排泄物的场所。因此，只有尽快地治疗鳃病，改善其呼吸代谢功能，才能有利于防病治病。而水环境中的氨、亚硝酸盐，水体过酸或过碱的变化都会直接影响鳃组织，并影响呼吸和代谢。因此，必须先控制生态环境，加速水体的代谢。
（2）先外后内。先治理体外环境，包括水体、砂质与体表，然后才是体内即内脏疾病的治疗，也就是“先治表后治本”。先治疗各种体表疾病，这也是相对容易治疗的疾病，然后再通过注射、药饵等方法来治疗内脏器官疾病。
（3）先虫后菌。寄生虫尤其是大型寄生虫对鱼类体表具有巨大的损伤能力，而伤口正是细菌入侵感染的途径，并由此产生各种并发症，所以防治病虫害就成为鱼病防治的第一步。
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